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Las formaciones vegetales más representadas en la Sierra de Andújar se pueden clasificar en las siguientes unidades:
- Los pinares de repoblación:
La especie más numerosa, con diferencia, es el pino piñonero, seguido del pino carrasco y negral. Son el resultado de las políticas de repoblación que se han llevado a cabo. Ocupan el 21% de la superficie del Parque.
- La dehesa:
Es un ecosistema creado por la acción humana a partir del primitivo bosque mediterráneo. En el Parque ocupa el 15% de la superficie. Las especies que componen esta dehesa son principalmente la encina, seguida del alcornoque y, en menor medida, el quejigo, ya sea en formación pura o mezclado con la encina. Son ecosistemas en los que el equilibrio entre explotación por el hombre y conservación funciona desde hace muchos años.
- Las formaciones de matorral:
Con o sin arbolado disperso componen la vegetación más abundante de este espacio protegido, ocupando respectivamente el 18% y el 22% de la superficie del mismo. Las especies de matorral más abundantes son principalmente jaras y lentiscos, aunque también están presentes cornicabras, madroños, acebuches, coscojas y olivillas; y plantas aromáticas como el romero, mejorana, tomillo y cantueso.
Por otro lado, el arbolado que acompaña a este matorral es principalmente encina, alcornoque y quejigo.
En la parte norte del Parque encontraremos algunos enclaves de bosque caducifolio constituidos por robles melojos, acompañados de madroños y áceres. Necesitados de unas temperaturas más frescas y de un índice de humedad superior, se localizan por encima de los 800 m de altura. Aunque su presencia es reducida, son considerados ecosistemas de un gran valor ecológico y paisajístico.
- Vegetación de ribera:
Estas formaciones se localizan en orillas de ríos y arroyos. En el tramo superior se implantan las alisedas, que proporcionan una gran cobertura vegetal y que permiten la vida de un gran número de especies animales y vegetales.
En el tramo medio de los ríos, se sitúan las fresnedas acompañadas de saucedas, siempre en contacto con el agua. Entremezcladas y alternando con ambas comunidades aparecen zarzas, tamujos, adelfas y taray.